Hvert öfugt himnuflæðiskerfi verður mengað og þarfnast hreinsunar. Vegna þess að það er venjulega ekki aðeins eitt mengunarefni þegar mengun á sér stað, inniheldur dæmigerð hreinsunarferlið venjulega tvö skref: lágt pH hreinsun og hátt pH hreinsun.
Mismunandi mengunarefni ætti að hreinsa með mismunandi hreinsiefnum. Basísk hreinsun er aðallega notuð til að fjarlægja örverur eða lífrænar mengunarefni og sýruhreinsun er aðallega notuð til að fjarlægja hreistur. Hreinsiefnið ætti að velja í samræmi við tegund mengunarefna og tegund himna til að forðast að skemma himnuna.
Notkunarröð hreinsiefna ætti að vera ákvörðuð í samræmi við raunveruleg vandamál. Venjuleg hreinsunarröð er fyrst súrþvottur og síðan basaþvottur.
Í sumum tilfellum, ef mengunin er aðallega lífræn efni eða örverur, má fyrst framkvæma basaþvott, síðan sýruþvott og síðan basaþvott.
Mikilvæg ástæða fyrir því að taka basískan þvott sem síðasta skrefið er sú að það getur opnað himnuholurnar að fullu eftir súrsun, til að endurheimta vatnsframleiðsluflæðið.
